Остался основной сюжет ТЧ и вся игра также заканчивается на исполнителе желаний или на ЧАЭС-2. Плюс предстоит (по желанию, т.к не пересекается (инфопоршнями) с основным сюжетом) пройти ещё 7 сюжетных веток. В целом сюжет получился следующим. После первой катастрофы, спустя много лет (когда не стало СССР и Россия сильно ослабла в начале 90-х на Украину прибыли учёные с запада для изучения радиационного фона вокруг и на самой ЧАЭС. Но на самом деле эти учённые стали заниматься совсем другими вещами. Сами эти учёные были под покровительством ЦРУ и других тайных сил США. Они предложили в казну Украины солидную сумму и те пустили их на территорию Зоны. Территория Зоны большая, заброшенная и к тому же недалеко граница вражеской России. На территории Зоны были отстроены и восстановлены ряд лабораторий. Начались работы по созданию биологического оружия (монстры, вирусы), искусственного интеллекта (роботы, андроиды), оружия на основе ЭМ излучения (гаусс пушка - ручная и большой мощности (на Затоне и в Х18)). Начались работы, продолжающие эксперимент HAARP (но учёные под ним видели другую возможность, а именно возможность подключиться к ноосфере планеты). На ЧАЭС-2 и на территории Генераторов построили мощные антенны. На ЧАЭС запустили один из реакторов, находившийся в наиболее благополучном состоянии. Параллельно с интересами американских спецслужб учёные работали и над своими собственными проектами один из которых получил название "О-Сознание". В 2006 году эксперимент вышел из под контроля: реактор запустили на максимальную мощность и всю её отправили на излучение антенн, тем самым породив мощнейший выброс, который и создал нынешнюю, аномальную Зону. Все учёные из "О-Сознания" исчезли, большинство людей превратились в монстров, часть лабораторий были разрушены. Но некоторым учёным всё же удалось уцелеть. Правительству США удалось убедить правительство Украины в своей непричастности к случившемуся. На заседании ООН по безопасности было решено взять территорию Зоны под военный контроль: Южная половина Зоны осталась за военными Украины, а северную часть стали охранять военные НАТО. ЦРУ удалось установить контакт с "новыми" учёными (которые стали частью Ноосферы). Между ними был заключён неформальный договор по которому ЦРУ обеспечивало учёным охрану, а те, в свою очередь продолжали работать на них. Был создан отряд "Монолит". Это бывшие военные, которым промыли мозг и внушили миф о монолите. Сам монолит искусственного происхождения. Снаружи он похож на огромную каменную глыбу, а внутри находится генератор звуковых и ЭМ волн на частоте работы человеческого мозга. Работы на ЧАЭС продолжались до тех пор, пока не пришёл Стрелок!
В моде так же присутствует множество простых заданий типа: принеси то, убей этого и т.д. Почти на каждой локации будет какой-либо персонаж с заданием к вам. В моём моде получается так, что стрелок побывает на Затоне, Юпитере и восточной Припяти до прихода Дегтярёва. И проделает почти то же расследование по поводу секретного оружия (но до истины не доберется). Заход на ЧАЭС-1 тоже имеет 2 варианта: если вы не пройдёте сюжет Юпитера и Затона, то будет как обычно, а если пройдёте, то вам будут помогать.